En los comienzos de la Iglesia la pena habitual por herejía era la excomunión. Cuando los emperadores romanos convierten el cristianismo en religión estatal en el siglo IV, los herejes empiezan a considerarse enemigos del Estado. En su momento San Agustín aprobó con reservas la acción del Estado contra los herejes
En respuesta al resurgimiento de la herejía de forma organizada, se produce en el siglo XII en el sur de Francia un cambio de opinión dirigida contra la doctrina albigense, la cual no coincidía con los puntos de vista de la Iglesia católica con relación al matrimonio y otras instituciones de la sociedad. Como reacción, el papa Inocencio III organizó una cruzada contra los albigenses promulgando una legislación punitiva contra ellos. Sin embargo, los esfuerzos iniciales destinados a someter la herejía no estuvieron bien coordinados y fueron ineficaces.
Inquisición medieval
A las anteriores disposiciones [...] agregamos el que cualquier arzobispo u obispo, por sí o por su archidiácono o por otras personas honestas e idóneas, una o dos veces al año, inspeccione las parroquias en las que se sospeche que habitan herejes; y allí obligue a tres o más varones de buena fama, o si pareciese necesario a toda la vecindad, a que bajo juramento indiquen al obispo o al archidiácono si conocen allí herejes, o a algunos que celebren reuniones ocultas o se aparten de la vida, las costumbres o el trato común de los fieles.En las siguientes décadas, el proceso de la Inquisición resultó intermitente y contradictorio en muchas ocasiones. Un ejemplo fue el caso del primer director de la Inquisición de Hungría, Paulus Hungarus, quien defendió a los chamanes paganos húngaros valiéndose de su influencia con el Papa Inocencio III. Además, aseguró que estos al adorar al sol adoraban al ente supremo que era el mismo Dios, así que no hallaba razón para condenarlos. Paulus Hungarus fue uno de los primeros frailes dominicos, quien escribió importantes documentos como la Suma de poenitentiae, tendiendo las bases de la nueva orden a petición de Domingo de Guzmán. Sin embargo, Paulus fue destituído y reemplazado por un religioso más estricto cerca de 1232, después de haberse iniciado propiamente la Inquisición.
En su primera etapa (hasta 1230), se denomina oficialmente "Inquisición episcopal" porque no dependía de una autoridad central, sino que era administrada por los obispos locales. En 1231, ante el fracaso de la Inquisición episcopal, Gregorio IX creó mediante la bula Excommunicamus la "Inquisición pontificia", dirigida directamente por el Papa y dominada por órdenes mendicantes, especialmente los dominicos. El hecho de que religiosos bajo el control directo del Papa tuvieran a su cargo los tribunales, fue un freno a su expansión, ya que algunos obispos no querían ver limitado su poder en una diócesis por la presencia de estos organismos papales.
En 1252, el papa Inocencio IV autorizó en la bula Ad extirpanda el uso de la tortura para obtener la confesión de los reos. Se recomendaba a los torturadores no se excedieran hasta el punto de mutilar al reo o finiquitarlos. Las penas eran variables. Los que se negaban a abjurar, "herejes relapsos", eran entregados al brazo secular para la ejecución de la pena de muerte.
La Inquisición pontificia funcionó sobre todo en el sur de Francia y en el norte de Italia. En España, existió en la Corona de Aragón desde 1249, pero no en la de Castilla.
Inquisición española
La Inquisición real se implantó en la Corona de Castilla en 1478 por la bula del papa Sixto IV Exigit sincerae devotionis con la finalidad de combatir las prácticas judaizantes de los judeoconversos de Sevilla. A diferencia de la Inquisición medieval, dependía directamente de la monarquía, es decir, de los Reyes Católicos. Tras una nueva bula emitida en 1483, la Inquisición se extendió a los reinos de la Corona de Aragón, incluyendo Sicilia y Cerdeña, y a los territorios de América (hubo tribunales de la Inquisición en México, Lima y Cartagena de Indias), y se nombró Inquisidor General a Tomás de Torquemada. La Inquisición se convirtió en la única institución común a todos los españoles, con excepción de la propia Corona, a quien servía como instrumento del poder real: era un organismo policial interestatal, capaz de actuar a ambos lados de las fronteras entre las coronas de Castilla y Aragón, mientras que los agentes ordinarios de la Corona no podían rebasar los límites jurisdiccionales de sus respectivos reinos.Inquisición romana
La Inquisición romana, también llamada Congregación del Santo Oficio, fue creada en 1542, ante la amenaza del protestantismo, por el Papa Pablo III. Se trataba de un organismo bastante diferente de la Inquisición medieval, ya que era una congregación permanente de cardenales y otros prelados que no dependía del control episcopal. Su ámbito de acción se extendía a toda la Iglesia Católica. Su principal tarea fue desmantelar y atacar a las organizaciones, corrientes de pensamiento y posturas religiosas que socavaran la integridad de la fe católica, y examinar y proscribir los libros que se considerasen ofensivos para la ortodoxia.Al comienzo, la actividad de la Inquisición romana se restringió a Italia, pero cuando Gian Pietro Caraffa fue elegido Papa como Pablo IV, en 1555, comenzó a perseguir a numerosos sospechosos de heterodoxia, entre los que se encontraban varios miembros de la jerarquía eclesiástica, como el cardenal inglés Reginald Pole. En 1600 fue juzgado, condenado y ejecutado el filósofo Giordano Bruno. En 1633 fue procesado y condenado Galileo Galilei, al destierro a más de 50 km de Roma, suspendiéndole asimismo el abono del dinero que recibía al modo de una beca moderna.
En 1965 el papa Pablo VI reorganizó el Santo Oficio, denominándolo Congregación para la Doctrina de la Fe.
Inquisición portuguesa
En Portugal, donde se habían refugiado numerosos judíos españoles luego de la expulsión de 1492, el rey Manuel I, presionado por sus suegros, los Reyes Católicos, decretó la expulsión de los judíos que no se convirtieran al cristianismo en 1497. Esto produjo numerosas conversiones al catolicismo.La Inquisición portuguesa fue establecida en Portugal en 1536 por el rey Juan III. En un principio, la Inquisición portuguesa estaba bajo la autoridad del papa, pero en 1539, el rey nombró inquisidor mayor a su propio hermano, Don Enrique. Finalmente, en 1547, el papa terminó aceptando que la Inquisición dependiese de la corona portuguesa.
El primer auto de fe tuvo lugar en Lisboa el 20 de septiembre de 1540, en 1560 se establece un tribunal de la Inquisición en Goa. Fue abolida por las Cortes Generales en 1821.
Inquisición en México
La historia de la Santa Inquisición en México, inició desde los primeros momentos en que los españoles pisaron este continente. Los primeros casos de que se tiene noticia son las "ordenanzas" contra blasfemos promulgadas por Hernán Cortés en 1520, es decir antes de la caída de la gran Tenochtitlán, y el proceso de idolatría iniciado por Nuño Beltrán de Guzmán en contra de Caltzontzin, señor de los tarascos. Por otra parte, hay ciertos indicios de actividades inquisitoriales contra herejes desde 1522, realizadas al parecer, por Frailes que desde entonces ya se encontraban en México, quizás actuando con poderes directos del Papa.El tribunal del Santo Oficio
Dada la conquista en México, se instauró el Tribunal Del Santo Oficio, que dependía directamente del Consejo Supremo de la Inquisición, que era encabezado por el inquisidor general de España. La autoridad superior del tribunal en México era el Inquisidor o Inquisidores, puesto que normalmente ocupaban varias personas. Los empleados de más alto rango eran el fiscal, a cuyo cargo estaba promover los procesos, y el Secretario del secreto, que tenía fe publica y autorizaba las actas, diligencias, despachos, edictos, etc. Los inquisidores contaban con un cuerpo de personas doctas y de alta posición social y oficial llamados "consultores del Santo Oficio", que integraban una especie de consejo. Estos consultores intervenían con su voto en las decisiones graves, como eran las sentencias de tormento y cuando un reo era condenado a muerte. El tribunal contaba además con el auxilio de un cuerpo de peritos en asuntos teológicos y religiosos, llamados calificadores del Santo Oficio, cuya misión era ilustrar la opinión de los inquisidores en casos debatibles y de difícil resolución. También existía un cuerpo policiaco, que eran quienes resguardaban las cárceles y el Tribunal del Santo Oficio.Procedimientos judiciales de la Inquisición en México
Al establecerse el Tribunal del santo Oficio, los primeros procedimientos consistían en una ceremonia llamada de "Juramento", en la que como lo dice el nombre, los asistentes juraban denunciar a todas las personas que consideraran sospechosas y prestar al tribunal la ayuda que pidiese, pero además, al concluir esa ceremonia se daba lectura a un edicto de los inquisidores, llamado Edicto General de Gracia, por el cual se conminaba a quienes se sintieran culpables a denunciarse dentro de un plazo fijado so pena de excomunión mayor. En el edicto se indicaban con minuciosidad los hechos considerados punibles y se le prohibía a los confesores dar la absolución a los que de algún modo no hubieren cumplido con aquel mandamiento.Denuncias ante la Inquisición en México
Toda denuncia incluso anónima, era válida. Una vez recibida, se abría de inmediato una investigación secreta que al revelar algún indicio, por débil que fuera, conducía al apoderamiento de la persona indiciada y al aseguramiento de sus bienes. Se le tomaba enseguida una declaración que incluía siempre preguntas sobre su familia y su origen, sobre su conocimiento de los dogmas y prácticas sobre la religión católica, y sobre si tenía alguna sospecha acerca del motivo de su prisión. Por lo general el acusado manifestaba total ignorancia a ese respecto, temeroso de implicarse en algún hecho que no figurara en la denuncia, situación que agravaba su caso. Si después de preguntarle tres veces el acusado persistía en la misma respuesta se le declaraba "negativo" y se abría propiamente hablando el proceso. Durante toda la secuela de éste –que a veces tardaba años- el acusado permanecía incomunicado en la llamada cárcel del secreto y ni siquiera podía hablar con el uno de los inquisidores si faltaba alguien que pudiera servir de testigo. El acusado nunca era informado del nombre de quienes declaraban en el proceso, no había por supuesto la posibilidad de careos y el recurso de tachar a un testigo por ser enemigo del acusado solo podía hacerse efectivo si este adivinaba quien había declarado en su contra o por torpeza del acusado en las declaraciones del testigo. A todos los testigos se les exigía el juramento del secreto.La Inquisición fue un tribunal eclesiástico establecido en Europa durante la Edad Media para castigar los delitos contra la fe. Sus víctimas eran las brujas, los homosexuales, los blasfemos, los herejes (cristianos que niegan algunos de los dogmas de su religión) y los acusados de judaizar en secreto. Los acusados eran interrogados, a veces mediante torturas, y ejecutados si se les encontraba culpables, requisándose sus bienes.
Según la Iglesia Católica, se adoptó el método de la tortura (lo cual era socialmente aceptada civilmente en el contexto de la época) solo en casos excepcionales. El procedimiento inquisitorial se regulaba minuciosamente en las prácticas de interrogación. No todos los métodos de tortura aceptados civilmente eran aceptados por la Iglesia Católica y para que un acusado fuese enviado a tortura, debía ser perseguido por un crimen muy grave (un ataque a la Fe de la Iglesia era gravísimo porque ponía en duda los cimientos de una paz social fundada en la Fe) y el tribunal debía tener también sospechas fundadas de su culpabilidad.
A pesar del uso de la tortura, el procedimiento inquisitorial representa un avance en la historia de la legislación. Por un lado, definitivamente descartó el uso de la ordalía como medio de obtención de pruebas, reemplazándola por el principio de prueba testimonial, el cual todavía tiene vigencia en las legislaciones de la actualidad. Por otro lado, se restablece el principio del Estado como fiscal o parte acusadora. Hasta ese tiempo, era la víctima la que tenía que demostrar la culpabilidad de su agresor, incluso en los procedimientos criminales más graves, esto frecuentemente era muy difícil cuando la víctima era débil y el criminal poderoso. Pero en la Inquisición la víctima no es más que un simple testigo, tal y como sucede en la actualidad. Era la autoridad eclesiástica quien ahora tenía sobre sí la carga de la prueba.
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